La ciudad de México, la antigua Tenochtitlán había sido arrasada: diques, puentes, albarradones, alrededor de setenta templos en el centro religioso desaparecieron. El olor a muerte y sangre seca dominaban el ambiente.
Mientras, Hernán Cortés, quien muy pronto sería nombrado gobernador y capitán general estaba en Coyoacán, la ciudad comenzaba a tomar forma. Con las piedras de los templos se construyeron, de acuerdo con las Ordenanzas de Población de Felipe II, las Casas del Ayuntamiento o Casas del Cabildo, a la par que casas parroquiales o privadas de vecinos prominentes.
El Antiguo edificio del Ayuntamiento estaba en la Plaza Mayor, y tenía funciones administrativas y de justicia en la ciudad. Entre 1527 y 1532 quedó lista la fortaleza. Esa arquitectura era necesaria como protección contra los indígenas, quienes tenían prohibido asentarse en la zona.
El edificio constaba de una Sala de Acuerdos, una pieza para el escribano, otra de contaduría, Sala para Audiencia ordinaria, capilla, sacristía y la cárcel de la ciudad.
Poco a poco en el tiempo, fueron agregándose otras dependencias: una alhóndiga, casa de moneda, una fundición, la carnicería mayor y las casas que servían de residencia.
Este edificio sufrió daños provocados por incendios (el más grave en 1692), inundaciones, temblores, conflictos armados, ampliaciones, remodelaciones y la aparición del salitre.
A principios del siglo XVIII (1714) el Palacio del Ayuntamiento es reconstruído con el gusto de la época: de la primera austeridad con muros anchos y ventanas pequeñas, pasa al estilo barroco peninsular, con arcos y adornos, y después se le agrega el neoclásico.
